ศูนย์เมล็ดพันธุ์ข้าวขอนแก่น ก่อสร้างและเปิดดำเนินงาน ปี 2529 มีพื้นที่ 43 ไร่ 

เริ่มการผลิตเมล็ดพันธุ์ดี แบ่งการดำเนินงาน เป็น 2 ระยะ 

• ระยะที่ 1 จัดตั้งตามโครงการผลิต และขยายเมล็ดพันธุ์พืชภายใต้เงินกู้จากญี่ปุ่น เปิดดำเนินการปี 2529 (โครงการ OECF) สร้างด้วยความร่วมมือของรัฐบาลญี่ปุ่นกับรัฐบาลไทย (ปัจจุบันเรียกโรงงาน A1)

โรงงาน A1 (พ.ศ.2529) กำลังการผลิต 2 ตัน/ชั่วโมง

• ระยะที่ 2 ได้ก่อสร้างอาคาร โรงงานรวมครุภัณฑ์เพิ่มเติม โดยใช้เงินงบประมาณ เปิดดำเนินการปี 2545 (โรงงาน A2)

โรงงาน A2 (พ.ศ.2545) กำลังการผลิตเมล็ดพันธุ์ 2.5 ตัน/ชั่วโมง

ศูนย์เมล็ดพันธุ์ข้าวขอนแก่น เดิมชื่อ ศูนย์ขยายพันธุ์พืชที่ 17 จังหวัดขอนแก่น สังกัดกองขยายพันธุ์พืช กรมส่งเสริมการเกษตร ต่อมา เมื่อวันที่ 1 เมษายน 2550 ได้ เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์เมล็ดพันธุ์ข้าวขอนแก่น (ภายหลังการก่อตั้งกรมการข้าว เมื่อวันที่ 16 มีนาคม 2549) เป็นศูนย์ปฏิบัติการสังกัดหน่วยงานส่วนกลาง ซึ่งมีศูนย์เมล็ดพันธุ์ข้าว รวม 23 แห่ง ทั่วประเทศ ภายใต้สังกัดกองเมล็ดพันธุ์ข้าว กรมการข้าว

แยกกลุ่มงานออกเป็นกลุ่มฝ่าย 5 กลุ่ม

1. ฝ่ายบริหารทั่วไป
2. กลุ่มถ่ายทอดวิทยาการผลิตเมล็ดพันธุ์ดี
3. กลุ่มผลิตเมล็ดพันธุ์
4. กลุ่มควบคุมคุณภาพ
5. กลุ่มพัฒนาธุรกิจเมล็ดพันธุ์